Η κύρια αποστολή του ΕΦΕΤ είναι η εν γένει προστασία των καταναλωτών, είτε στην κατεύθυνση που αφορά στην ασφάλεια των τροφίμων, είτε στην προστασία των συμφερόντων τους έναντι πιθανής παραπλάνησής τους από την επισήμανση, παρουσίαση και διαφήμιση των τροφίμων.
Πράγματι, ο σημαντικός ρόλος της επισήμανσης, παρουσίασης και διαφήμισης των τροφίμων, έχει ήδη στη πράξη αποκτήσει μία επιπλέον διάσταση : Οι ετικέτες των τροφίμων παρέχουν όχι μόνο τις "παραδοσιακές πληροφορίες" για την περιγραφή του περιεχομένου της συσκευασίας του τροφίμου και την εξασφάλιση των συμφερόντων και της υγειονομικής ασφάλειας του καταναλωτή, αλλά και πληροφορίες με τις οποίες ο καταναλωτής διαμορφώνει το διαιτολόγιό του και πολλές φορές το σύνολο των διατροφικών του συνηθειών. Η ετικέτα μετατρέπεται σε εργαλείο διαχείρισης της διατροφής, παρέχοντας πληροφορίες σε σχέση με τη διατροφή και την υγεία.
Στο πλαίσιο αυτό, ο ΕΦΕΤ, λαμβάνοντας υπ' όψη τις ραγδαίες εξελίξεις της Επιστήμης και της Τεχνολογίας των Τροφίμων, έχει αναπτύξει πρωτοβουλίες με σκοπό τη δημιουργία εκείνων των προϋποθέσεων που θα διασφαλίζουν με τον καλύτερο δυνατό τρόπο την προστασία του καταναλωτή και στις δύο αυτές κατευθύνσεις.
Σε ότι αφορά στην προστασία των συμφερόντων του καταναλωτή, ο ΕΦΕΤ, με τη συμμετοχή όλων των εταίρων του και συγκεκριμένα των αρμόδιων αρχών ελέγχου, των επιχειρήσεων τροφίμων, των επαγγελματικών κλάδων, των καταναλωτών και της πανεπιστημιακής κοινότητας, προχώρησε σε μια σειρά από διαβουλεύσεις, παρεμβάσεις και συναντήσεις κατά το πρώτο εξάμηνο του 2010.
Συγκεκριμένα, οι δράσεις που ανέπτυξε είναι :
Α - Διαβουλεύσεις
Β - Παρεμβάσεις
Γ - Συναντήσεις
Δ - Ανασυγκρότηση του Επιστημονικού Συμβουλίου του ΕΦΕΤ